初心者のための日韓議論場

>そこでその手続きを探してみたのですが、見当たらない。ひょっと
>して決めていないってことなんでしょうか。

決めていないんだと思います．決めていたら，どこどこに定めると
ころの手続き，という具合に，指定するはずではないでしょうか．
具体的な方法を決めていないので，「両国の政府が合意する方法」
という抽象的な表現になっているんだと思います．

>たしかに、
>
>日韓基本条約の関係諸協定，日韓請求権並びに経済協力協定
>http://www.ioc.u-tokyo.ac.jp/~worldjpn/documents/texts/docs/19650622.T1J.html
>
>には手続きと思われるものが書かれてますが、これはあくまでもこ
>の協定に限ったものと見るべきでしょうか。

だと思います．竹島問題は最後まで紛糾し，決着が着かなかったの
で，条約締結に当たっては棚上げされた筈です．国交正常化に当た
っては，紛争一般の解決方法（紛争の解決に関する交換公文）を示
すに留まり，竹島については何の判断も（解決の手順も含めて）示
していないと思います．