川が絶滅寸前です！

流域単位の税金のバランス、確かに見てみたいですね。ただ、環境改善事業や水力発電あるいは利水補給事業などのインフラ整備では必ずしもその流域住民が受益者ではないので単純にはいかないでしょうね。受益者の線引きが難しいように思います。

一方、防災の面では「受益者」が比較的明瞭なのでこれについては、流域単位（もっと言えば支川単位）のバランスを再度評価点検＆開示する必要があるように思います。さらに、税収と支出だけではなく、併せてこれまでに投下した税金による被害軽減効果も開示する必要があるのではないでしょうか？

事業の不透明性については私も仰るだと思います。

本来ならば平成９年の河川法改正で策定が定められた「河川整備基本方針、河川整備計画」
http://www.mlit.go.jp/river/gaiyou/seibi/about.html
などは（まだ策定中だとは思いますが）極力早い段階で「資料編」も含めて開示していく必要があると思います。
（開示できるんでしょうかね？個人的には反響が大きすぎて不可能に近いように思いますが・・・）