さあ！諸君！捕鯨問題だ！

>漁船だし、日本政府が許可否定しようが肯定しようが、調査捕鯨に参加していたことは決定的という設定だよ。

別に日本政府は関係ありませんし、この設定なら、何のことはない。そのまま設定１）ですね。それで？

>OB号はFAOフラッギング協定対象船になる？それともパナマの措置は国際法（国際捕鯨取締条約）違反なのでOB号は対象にならない？

パナマが国内の漁業法違反でＯＢ号を処罰したとは知りませんが、”した”のですか？。
もし、したとしても、ＦＡＯ協定とは関連性を持たせられないだけ。
(普通の国家なら、国内法と国際法の対立矛盾は回避するのが常識ですからできない。)

ゆえに”パナマ国内の問題”ということ。

なお、monnku君の定義ですが
>第九十二条 船舶の地位

この”地位”というものは、国際法より国内法が常に優先する・・・という意味に捉えているんですよね？。

だから・・・
>FAOの遺法業業定義

これはを”国内法での違法認定で事足りる。国際法との矛盾は無視”という解釈をされたんですよね？。

どっか違いますか？。
違わないなら、国際法と国内法の関係を再度勉強しなおしてきてください。話になりません（苦笑）。