南京大虐殺・従軍慰安婦強制連行は事実

一方、肯定説は、まず、日本国内で30万人を主張している肯定説はいないと指摘した上で、中国側の主張する30万人には、上海戦以降の軍人の犠牲者が入っており、単純に南京の人口と比較することは意味をなさないと指摘する。また、「陥落時20万人という人口数は、南京攻略戦が始まる前の予測値に過ぎず、陥落時の実測値ではない。実際には安全区外に多くの住民がいた事、攻略前の日本軍の展開により周辺地域から戦災避難者が流入したことを考えれば、実際にはもっと多くの人口が南京城内に残留していたであろう」と反論する。


虐殺の範囲
否定説、肯定説とも「虐殺」を国際法違反行為と定義づけているが、何が国際法違反行為に当たるかが争点となっている。まず、戦闘中に降服して投降してきた兵士を、受け入れずに殺害したことについて見解が分かれる。第二に、一旦捕虜として受け入れたのちに殺害したケースについても見解が分かれている。最も殺害数が多いと思われる、敗残兵の摘出と処刑についても見解が分かれる。否定説は、敗残兵を便衣兵（ゲリラ兵）と見なして、裁判無く処刑しても国際法上合法であると主張している。

肯定説は、これらの処刑は南京が陥落して戦闘が終了した後に行われたものであり、戦闘行為とは見なすことが出来ないと指摘している。また、もう抗戦の意図はなく専ら逃亡目的で平服を着用していた兵士を便衣兵（ゲリラ）と見なして殺害したこと、及び一般市民から敗残兵を摘出した際に、便衣兵が紛れている可能性があるとして識別の努力もせず殺害した場合等についても見解は分かれる。また、便衣兵（ゲリラ兵）に対する処刑に関しては国際法上は違法ではなくとも、裁判抜きでなされた場合は虐殺であると肯定説は主張している。

史料批判
否定説は、虐殺の根拠とする史料には、

捏造の疑いのある
政治宣伝でしかないものがある
矛盾した被・加害者証言などがあり、また、その史料解釈が恣意的である
と批判する。

一方、肯定説は、いずれの史料批判も学術的な妥当性が無く、その史料批判が恣意的であると反論している。