北朝鮮

おはようございます。

＞恵理とか、韓国語的にもスムーズな名前の場合もありますし。

そうなんですよ。
恵理（えり）＝エリ
有里（ゆり）＝ユリ
亜耶（あや）＝アヤ

本名・通名一緒です。

＞ただ、３文字の場合、何か違和感を感じてしまうのは、私だけでしょうか．．．？

居ますね。
かなり通名優先？

私の親戚に、ひらがな３文字の女の子もいます。

私の名も、どちらかと言うと通名優先なので、本名での発音がむっちゃ難しいです。