竹島

>それらの過程で、勅令１８号の「石島」という言葉が出ていないように思います

勅令４１号ですね＾＾

鬱島郡主の報告は最終的に議政府参政大臣宛と内部大臣？宛の２つに別れたようですが、報告書自体に「独島」としか記載されていないため、ご指摘のとおり中央政府のコメントも「独島」という表現になっているようです。
逆に中央政府側の立場に立って考えれば、この報告の「独島」を「石島」の事であると認識することは、事前に地名の変更報告でもあったのでなければ無理でしょう。（報告に添付資料もないようですし）

この過程から考えられる可能性は下の３つぐらいだと思います。
１．公式名称は「石島」だが俗称で「独島」と呼ぶことを知っていた。
　　 （公式文書に俗称を使うのは違和感がありますね）
２．「石島」の公式名称は1906年5月以前に「独島」になっていた。
　　 （そんな事実があれば、既に資料が発掘されていそうですね）
３．中央政府の認識としては「石島」とは別の「独島」だと思った。
　　 （報告者の意図は別として、一番ありそうな話ではないかと思います）

３だとすると、報告の「本郡所属」を鵜呑みにしたのでしょうか？
なぜ「必無其理」「全屬無根」などという強い表現が使われたのかということと合わせて考えると興味深いですね。

なお、内部大臣宛の報告については新聞記事でしか確認できませんが、参政大臣宛の報告については、以下のとおりのようです。
http://www.archives.go.kr/gars/dokdo/sub2-102.html