竹島

>「関ヶ原の戦後に銀山と銀山領の石見国の一半は天領となり，1601年(慶長6)大久保長安が奉行に任じ，邇摩郡佐摩村に大森の陣屋が開かれた」

　 正確には1601年の時点では天領ではなく徳川家の領地となっただけでしょう。
　 結果的に徳川家が幕府を開いたことにより天領となったわけですね。
　 従って、徳川家の家臣である大久保に与えた朱印とは、その発行された時点では徳川家内部の文書であったわけです。
　 勿論、実力者である徳川家の力に裏付けられた文書であることには変わりはありませんが、幕府成立以降に発行された文書の格付けとは意味合いが全く異なりますし、味噌も糞も一緒にするようなものでしょうね。