川が絶滅寸前です！

＞つまり、xyzpai2さんが所属するＮＧＯが申請して何か作った場合で・・・
速やかに無償で（ＮＧＯ負担で）工作物を撤去しなければいけません。

（ウチみたいな「年金友の会」みたいな素人集団でも「ＮＧＯ」なんだろかｗ？）
まあそれは当然な事ですね。これもアパマンと一緒だな。

＞占用申請は、何年か後にあるかもしれない原状回復命令に備えなければいけない。

これも当然だけど「造りっぱなしではいけましぇん！」という訳ですね。
効果的な物であれば長期間設置しといた方が良い場合も出てくるでしょう。
その場合新たに占用（占有ではありませんね、失礼！）期間更新できたりとか。
多摩川べりの青空出店なんかは何事かない限り殆ど「自動更新」みたいな感じかも。
もちろん洪水で設備が流されても行政側には「不可抗力」なんでしょうね。
話がそれましたが、そのようなケースを想定するとこうなる訳ですね↓。

＞清ルネなどを利用した方が良い、と思っている次第です。

なるほど・・・良いアイデアだと思います。
その方が何もない所から行政側に交渉するのよりやり易いでしょう。
大掛かりな話なので今のところ直ぐには動けそうもありませんが、
面白いお話なので今回の件忘れないようにします。ありがとうございます。
今度の会合で話してみます。