川が絶滅寸前です！

ちょっと真面目な顔（見えないけど）で。。。

まず、原状回復義務は設置した側にあり、原状回復命令が出された場合は速やかに（無償で）回復しなければいけません。
つまり、xyzpai2さんが所属するＮＧＯが申請して何か作った場合で、例えば堰堤の工事でその工作物が邪魔になった場合は、速やかに、かつ無償で（ＮＧＯ負担で）工作物を撤去しなければいけません。

何が言いたいのかと言うと、「占用申請（特に工作物・構造物に関わること）」は、何年か後にあるかもしれない原状回復命令に備えなければいけない、ということです。
工作物が支障になったときに、「ＮＧＯが解散していた」なんてことになると。。。眼も当てられませんね。

で、行政側の立場で考えれば、「よっぽど信用できる団体でなければ、まず許可は出さない」ということですね。

そんな訳で、清ルネなどを利用した方が良い、と思っている次第です。

ついでに、

＞そう言えば多摩川の中本賢さんも、どっかから許可を貰い遡上する魚を採取するための籠を設置していた。

多摩川で魚を採捕するための籠設置は、内水面漁業調整規則が該当するので、水産課（水産林務部？）だと思います（一応、知事の許可が必要です）