川が絶滅寸前です！

私の知っている範囲ですが。。。

まず、河川の占用ですが、河川法の第二章、第三節、第二十四条（土地の占用の許可）で定められている通り、「河川管理者の許可を受けなければならない」です。
次に、河川占用の審査基準ですが、「河川敷地占用許可準則」で定められています。

で、実際に占用申請を行う場合は、河川管理者によって基準は様々ですので、実際に聞いてみたほうが良いと思います。
その際には、「１）場所」・「２）期間」・「３）目的」・「４）構造物の形状」ぐらいは把握してから聞かないと、たらい回し、もしくは聞いてもらえないと思います（基本的には有償ですが、目的（場合）によっては無償になります）

何をされるのかは知りませんが、頑張って下さい。