川が絶滅寸前です！

＞じゃあ開発を推進する側は、開発費を負担するということになるのでしょうか？

これは、20世紀の常識でした。

＞①民意を反映した河川改修を行政が決定していけば、何の問題も無いと思いますが、現状はそうではないということでしょうか？②それとも、妙な口出しが多すぎるということでしょうか？

①民意の反映の確認の方法が問題とされてきていると思います。
②私には、そのようにも見えます。

＞「その開発費用は、その地域の住民のみで負担するべきだ」みたいな意見と変わらない気がします。

開発費用及び開発に伴う補償は住民でなく、開発利益を受けるものが支払うのが当然です。