さあ！諸君！捕鯨問題だ！

日鯨研については、公益法人の情報開示義務に従い、収支関係ははっきりしています。
http://www.maff.go.jp/koueki/itiran/suisan/8g0007.htm
年収の８．３％が水産庁からの交付金になっています。
収支を見ると、借入金が無ければ益出しは難しい状況であるのは変わりありませんが、借り入れと返済がほぼ均衡していることからも、あながち危険な経営状況とは必ずしも言えないでしょう。

ただし副産物の専売事業がなければ、とても持ちませんがね。
公益法人というのは税金支援を受けながら運営されるものですが、日鯨研の場合は、肉の専売がその存在を支えていることになるでしょうから、商業化は日鯨研の存在のありかたを大きく変えるだろうと考えられます。