さあ！諸君！捕鯨問題だ！

>問題は国連海洋法条約などの機関が、新設される鯨条約機関を認知するかどうかでしょう。

条約機関を新設しなくとも、単独でも構わない。
とはいうのものの、国連海洋法条約には２国またはそれ以上の国が「漁業について条約を結ぶこと」を禁止する条項などあるわけない。

>そうなれば南氷洋どころか北西太平洋などの公海での操業は絶望的になるでしょう。

全然根拠がない。拘束力のあるのは全体に対するＩＷＣ、南氷洋のカムラ、（捕鯨を前提とした）ナムコ（北大西洋海洋哺乳動物委員会）ぐらいで、このうち日本が北西太平洋で捕鯨するときに係わるのはＩＷＣだけだ。脱退したらそれまで。

参考
国連海洋法条約65条 　 海産哺乳動物
この部のいかなる規定も、沿岸国又は適当な場合には国際機関が海産哺乳動物の開発についてこの部に定めるよりも厳しく禁止し、制限し又は規制する権利又は権限を制限するものではない。いずれの国も、海産哺乳動物の保存のために協力するものとし、特に、鯨類については、その保存、管理及び研究のために適当な国際機関を通じて活動する。

国連海洋法条約120条 　 海産哺乳動物
第65条の規定は、公海における海産哺乳動物の保存及び管理についても適用する。

ＩＷＣ非加盟国の捕鯨を直接禁止できる内容ではない。
そして捕鯨条約は非加盟国を拘束できないため、非加盟国を国際捕鯨条約を楯にとって国連海洋法条約15部に定める２節手続きに持ち込むこともできない。

と、思うけどな。