さあ！諸君！捕鯨問題だ！

「海賊ではない」というのは正確ではありませんね。
「同法における“海賊”の定義には当たらない」というだけのことです。

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本法では、海賊の行為を、船舶（軍艦等を除く）に乗船した者が、私的目的で
公海または日本国領海等で行う次の4項目であると定義している。
(1)暴行、脅迫で人を抵抗不能にし、航行中の船舶や財物を強取または運航を
支配する行為
(2)船舶内の人を人質にする行為
(3)海賊目的で他の船舶に著しく接近したり、侵入、破壊したりする行為
(4)海賊目的で凶器を準備して船舶を航行させる行為
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なぜ「海賊」の定義をこのように狭くするのかについては、
r13812ちゃんも引用している会議録において知ることができます。

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http://kokkai.ndl.go.jp/SENTAKU/syugiin/171/0202/17104220202006a.html
○長島（昭）委員 　 私もこういう活動というのは海賊行為だと思うんです。
　 しかし、本法案では、海賊行為というものを、言ってみれば狭く定義をして、
二条各号に書いてあるようなものに限定をして定義をしているんですが、あえ
て限定的に定義をする理由は何でしょうか。海洋担当大臣、お願いします。
○金子国務大臣 　 海上自衛隊を派遣するという行動であります。そういう、海
賊行為ということを認定する、シーシェパードの行われている活動というもの
が、本当に我々が定義しております海賊行為に当たるのかということについて
は、やはり世界的に理解が得られるのかどうかということに照らしまして、そ
れには当たらないということで排除させていただいた次第であります。
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このように「海賊」と認定してしまうと自衛隊を派遣する必要の可能性が出て
くるため慎重になっているのです。
なお、国連海洋法条約における海賊の定義はこうです。

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海賊行為の定義
公海又はその上空などいずれの国の管轄権にも服さない場所にある船舶、航空
機、人または財産に対して行われる、私有の船舶又は航空機の乗組員又は旅客
による、私的目的のために行うすべての不法な暴力行為、抑留又は略奪行為、
及びそのような行為を煽動又は故意に助長するすべての行為
（国連海洋法条約第101条）
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国際条約から見た場合、シーシェパードの妨害行為が「海賊行為」に当たるの
は明らかです。

しかし「海賊」と認定してしまうと、海賊対処法の定義する「海賊」とされ、
自衛隊を出動させなければならなくなるかもしれない。
政府としては、シビリアンコントロールだの憲法9条だのなどといった問題、
国際関係、国内外世論からの反発などといったごたごたを避けたいために、同
法における「海賊行為」には当たらない、としているにすぎません。

ゆえに、ここにおける「海賊ではない」というのは、「シーシェパードの妨害
行為が不法ではない」とかいう類の話ではありません。
上記の会議録でも挙げられているSUA条約に抵触する行為でもあり、不法行為
であることは一切否定されません。

最後に念を押しますが、「海賊対処法の定義する“海賊”には当たらない」、
それだけのことです。