さあ！諸君！捕鯨問題だ！

仰る通りだと思います。

ある程度知見は確立されたため、一般人への水銀に対するリスクを取り上げて反捕鯨諸氏が騒いでも、最早世論が驚愕沸騰する様なネタには到底ならないということです。

>まあ、鯨がペットフードに利用されているという前提の話ですけど・・・・

たとえば実例はありますが、マッコウとなると情報は乏しいですね。
http://www.rakuten.co.jp/hakudai/658479/660375/

「出せば因縁をつける団体が寄ってくる」のは目に見える様な現実ですから、その「圧力」ゆえペットフード大手は手をつけにくいでしょう。