さあ！諸君！捕鯨問題だ！

＿現地での増幅とDNAの分離＿
以前の市場調査はすべて、現地でポリメラーゼ連鎖反応 (PCR)により、DNAを
クジラ組織から抽出し増幅した。
現在の調査では、現地での分析はBiometra社製の熱循環機を使用している。
それぞれの製品から得た組織はChelex樹脂 (BioRad Laboratories) により、
増幅のためのプレパラートとして処理した。用いられた方法はウェイ
ルシュほか（1991）によるものであり、 Baker et al. (1996b)に記述
されている。ビオチン標識プライマー（核酸断片）とストレプトアビジン
被覆のプレートを用いて（下記参照）、すべての増幅された（合成）産物を
分離し、オリジナルのDNAテンプレートが残らないように洗い流してから本拠の
研究所へ輸送し、ここで直接のDNA塩基配列解析を行った。

これは「絶滅のおそれのある野生動植物の種の国際取引に関する条約」の規定に
準拠した方法である(CITES 1973; Bowen and Avise 1994; Jones 1994)。
二つのミトコンドリア（mt）DNA遺伝子座、制御領域（約800塩基対、bp）
およびシトクロムｂ遺伝子（約500bp）の各検体を鯨種同定のために既述の
方法(Baker et al. 2007 & 2008)で増幅した。

SAP/ExoI（エビのリン酸エステル化合物好アルカリ性分解酵素と外側から
核酸を分解する酵素Iによる恒温処理、; Werle et al. 1994）で継続的にDNA
シークエンシングを行うために反応物をプレパラート化した。
シークエンス産物の精製にはアプライドバイオシステムズ社のABI Prism
BigDye® Terminator v3.1 精製キットを使用し、DNAシーケンス解析は
ABI3730 自動DNA シーケンサー (Applied Biosystems, Inc社製) で
行った。

＿種および市場個体の同定＿
種の同定はベイカー＆パルンビ（1994）およびベイカーほか（1996a）で
叙述し、Dizon et al (2000)でレビューされている系統論的方法の分析で
行った。
簡単に言うと、最大節約法と近隣結合法をベースとした系統樹再構成法で
あり、PAUP* (Swofford 1999)コンピュータ・プログラムとして
入手可能な遺伝的距離算法を用いて「検体」の塩基配列を整序
するのである。
それぞれの検体の塩基配列は一組の「類型」配列あるいは「照合」
配列と比較され、まず最初の科への配列を行う。場合によっては
属まで決定される。

同じ科へ配分された検体塩基配列たちは、新たな同種の類型配列や
関連種および適切な外集団の塩基配列を加えて二段階目の系統学的
比較にかけられる。種の同定の堅牢性は1000回のブートストラップ・
シミュレイションによって推定される。
今回の調査や以前の調査で用いた系統学的な種の同定法は、ウェブ上
にあるプログラム、DNA Surveillance, (www.DNA-surveillance.auckland.
ac.nz; Ross et al. 2003)に装備されている。
個体同定は、性別情報が利用可能な場合にはそれで増大した制御領域の
塩基配列変動に主として依拠して行った。