さあ！諸君！捕鯨問題だ！

>協定を結んでから国内法を整備して初めて協定が実効をもったものになるという法律の仕組みがわからない？

では、きみにも訊いてあげるから考えてみたまえ。
No.29646
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では、きみが考えても協定違反と分かる船があったとしよう。
例えば、フィリピン船籍かなにかでマグロの密漁に使われていた船が、それで処罰を受けて取り消されたあと、別の国の船籍となって、それが日本政府の漁業プロジェクトに、なんかの理由でチャーターされたとしよう。
おかしいじゃないか、と抗議しても担当が偏屈で聞き入れない、やめさせたければ、どうするんだい？
１．差し止め請求審判（行政訴訟）
２．破壊活動で妨害する。

その他の回答もOKだ。
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きみの意見だと、裁判所は国内法の不整備をもって、差し止め却下の審判を行うのかな？

さて、上例には若干の修正がいる。マグロの密猟に使われていた船がフラッギング協定に対応する国内法適用からすり抜ける形となっている仮定を追加する。
もちろん実際には、フラッギング協定に対応する国内法は整備されている。（が、本件ＧＰＩが提示した形にたいしては、抜けている。）

>パナマのように便宜置籍船をなりわいにしている国が自分の商売の妨げになる法律をさだめているとも思えないし、それ以前にパナマに漁業関連の法規もあるかどうか。

パナマ国内法にないんなら、違法として罰金を下せないよ。
あっても、普通、適用がゆるゆるなのが、この世界さ。

>船籍を剥奪されたけど漁業法違反じゃないのかも。

そりゃ前にも言った通りGPIの情報しかないんだから、本当のとこはわからんわ。しかし嘘やという情報もないんだから、その前提で話するだろ？普通。

>GPはマグロ漁の規制が便宜置籍船によって破られているとの宣伝をしているがそれの序じゃないかな。

GPだけじゃなくって、それはあからさまな事実と思うけどな。
↓参考
http://www.wwf.or.jp/activity/marine/lib/WWF_ED_060927_standard.pdf