さあ！諸君！捕鯨問題だ！

お邪魔します．

クジラ食害論てのは水産学的には
・クジラは魚を食べる
・当然，食われたぶん，魚は減る

という（定性的にはほとんど疑う余地のない）前提をもとに
・クジラを捕ると，クジラによる捕食圧が下がる
・クジラが食っていたぶんの魚を人間に回せる
・クジラの肉も人間に回せる
・よって人間が利用可能な水産資源を最大化するためにはクジラを捕った方が良いのではないか

という話であって，単純な間引きじゃないでしょう．エゾシカでは農業被害および森林崩壊を防ぐために駆除し，かつその肉を販売して財源化する，という手法をとっていますが，これと似た話でしょう．
（シロナガスクジラの回復を助けるためにミンクを捕った方が良い，という場合はシロナガスの保全のための緊急措置という意味合いがあるだろうが）

魚類のポピュレーションを最大化するにはどうするか？という純粋に理学的な問題として考えれば，クジラに限る必要はありません．
しかし，利用可能な資源の最大化およびその効率として考えれば海鳥は捕獲に恐ろしく手間がかかるし（しかもあの痩せた海鳥を一体何羽とらなければいけないのか），だいたい魚食いの鳥は臭いので食用には向きません．
イルカなら沿岸漁業に対してはある程度の影響はあるでしょう．トドは知床で問題になってます．こういった例はローカルには影響するでしょう．
このような点から得られる肉のマスが大きく，食肉として使え，外洋にも影響を持つクジラを捕獲した方が良いのでは？という意見が出て来たのだと理解しています．程度の問題（実際のとこ，どれだけ漁獲高が上がるのか）は検討しないといけませんが，これ自体は別に非科学的な前提は置いてませんので，馬鹿馬鹿しいと一言で切り捨てられる問題ではないでしょう．

もっともこういったアイディア（漁獲高を最大化するよう生態系を調整する）は海を養魚場扱いすることになりますので，反発もあるでしょう．
・・・食料生産が不足すれば，背に腹はかえられないでしょうが．