南京大虐殺・従軍慰安婦強制連行の嘘

これはおそらく、Table4の脚注による解釈ですね。
Table4のMilitary operationsの註釈に

By "military operations" is meant bombing, shelling, or bullets fired in battle.

とあって、その項目に含まれないSoldiers' violenceによる負傷者が3,050人となっています。
調査票の註釈ではmilitary operationsに起因するものでなければ日本兵による戦闘外の暴行と一方的に決めつけられていますから、「"warfare" とは別の "soldiers' violence"」を「戦争以外に日本兵の暴行」と訳したのでしょう。
確かに"warfare"の用法が一貫していませんが、スマイス報告は元々そんなに厳密なものではありませんし。