日中関係

1960年（昭和35年）1月19日に、新日米安保条約（日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約）6条に基づき、日本とアメリカ合衆国との間で締結された条約。主に在日米軍の日米間での取り扱いなどを定める。1952年（昭和27年）2月28日に、旧・日米安全保障条約3条に基づいて締結された日米行政協定（日本国とアメリカ合衆国との間の安全保障条約第三条に基く行政協定）を承継する。

裁判権

第17条3により、米軍基地内における犯罪や米軍関係者間の犯罪はアメリカが優先的な裁判権を持つ。また、第17条5(C)により、日本で裁判を受けるべき被疑者であっても、アメリカが先にその身柄を拘束した場合、身柄が引き渡されるのは検察により起訴がなされた後である。このため、起訴までの間に充分な捜査ができない。更には重罪にも拘らず身内の行為として不当に寛大な処分がされる恐れさえある。

原状回復義務

第4条1により、米軍が日本に施設を返還する場合、その土地を元通りに回復する義務を負わない。この規定は返還前の通りに人家等を建て直したり、補償をしたりする義務を負わない、と言う意図で作られたものだと考えられるが、実際には返還後の土壌からPCBなどの有害物質が発見される事例があり、これらの土壌の除染作業を日本政府が行なう必要が生じている。（アメリカ国内ではたとえ軍施設であっても環境基準の遵守を義務付けられており、“日本では更地に戻しさえすればよい”と解釈されている疑いがある）

「日米地位協定の考え方」

2004年1月13日、沖縄県の地方紙琉球新報が「日米地位協定の考え方」と題する文書を公表した。これは、外務省が日米地位協定の具体的な解釈をまとめた、とされる文書で、この中では日米地位協定の文言以上に米軍の利益を擁護する解釈が示されており、地位協定を改定するべきであると主張する人々は、この「考え方」も問題点の一つだと主張している。