侵略国日本は国際社会の前科者

さらに、ドイツでは軍人ではなくナチス党員の政治家や官僚を中心として戦争が進められたとした「共同謀議」の論理を、そのまま日本の戦争にも適用した点も問題視されている。起訴状によれば、A級戦犯28名が1928年から1945年まで一貫して世界支配の陰謀のため共同謀議したとされ、判決を受けた25名中23名が共同謀議で有罪とされた。しかし彼らの中には互いに政敵同士のものや一度も会ったことすらないものまで含まれており、また日本では一連の戦争中でも陸海軍間の対立など、常に政治的な確執が内在していた。このような複雑な政治状況を無視した杜撰ともいえる事実認定に加え、近衛文麿や杉山元といった重要決定に参加した指導者の自殺もあり、日本がいかにして戦争に向かったのかという過程は十分に明らかにされなかった。

このため日本ではドイツにおけるニュルンベルク裁判に対する批判はあまり聞かれないが、日本における極東国際軍事裁判については戦勝国の報復という意見や日本側の非協力の結果という意見など批判的意見が多く見られる。なお、極東国際軍事裁判の評価をめぐっては研究が続けられており、今のところ結論が確定するには至っていない。

具体的な研究としては裁判の公平性に関して次のような論説がある。

審理では日本側から提出された3千件を超える弁護資料（当時の日本政府・軍部・外務省の公式声明等を含む第一次資料）がほぼ却下されたのにも拘らず、検察の資料は伝聞のものでも採用するという不透明な点があった（東京裁判資料刊行会）。戦勝国であるイギリス人の著作である『紫禁城の黄昏』すら却下された。
判決文には、証明力がない、関連性がないなどを理由として「特に弁護側によって提出されたものは、大部分が却下された」とあり、裁判所自身これへの認識があった。
条例で定めているはずの日本語通訳が弁護人陳述中、途中で打切られることがあり速記録にさえ残らなかった。
また、日本語通訳の能力不足から、通訳が適切に行われないことも多かった。
被告人の選定については軍政の責任者が選ばれていて、軍令の責任者や統帥権を自在に利用した参謀や高級軍人が選ばれていないことに特徴があった。理由として、統帥権を持っていた天皇は免訴されることが決まっていたために、統帥に連なる軍人を法廷に出せば天皇の責任が論じられる恐れがあり、マッカーサーはそれを恐れて被告人に選ばなかったのではないかと保阪正康は指摘している。また、保阪は軍令の責任者を出さなかったことが玉砕など日本軍の非合理的な戦略を白日の下に晒す機会を失い、裁判を極めて変則的なものにしたとも指摘している。この他、天皇の訴追回避については、「マッカーサーのアメリカ国内の立場が悪くなるので避けたい」というGHQの意向が、軍事補佐官ボナー・フェラーズ准将より裁判の事前折衝にあたっていた米内光政に裁判前にもたらされている。