侵略国日本は国際社会の前科者

極東国際軍事裁判は戦勝国が敗戦国を裁くという構図だったため、その評価については議論の対象になることが多い。

この裁判の一つの焦点は平和に対する罪であり、日本が侵略戦争をしたことに対する非難だったが、指揮を執っていたダグラス・マッカーサー司令官自身が日本の戦争の理由を、資源の乏しかった日本が輸入規制等により包囲され、何千万、何百万という国民が失業に陥ることを恐れて行った安全保障であったと証言している。

この裁判では原子爆弾の使用など連合国軍の行為は対象とならず、証人の全てに偽証罪を問わなかった。また、罪刑法定主義や法の不遡及が保証されなかったのも明らかである。こうした欠陥の多さから、東京裁判とは「裁判の名にふさわしくなく、単なる一方的な復讐の儀式であり、全否定すべきだ」との意見も少なくない。

当時の国際条約（成文国際法）は現在ほど発達しておらず、当時の国際軍事裁判においては現在の国際裁判の常識と異なる点が多く見られた。こうした事情により、国際法の専門家の間では本裁判に対しては否定的な見方をする者が多い。

アメリカの外交政策で重要な役割（日本に対しても、を含む。）を果たし、ソ連「封じ込め政策」を唱えた事で有名なジョージ・ケナンは、やはり否定的な意見を述べている。彼によると、この裁判の底に流れている正義や公平を理解する能力が、日本人にはない、というのが、その主な理由であった。

また、この裁判の結果を否定することは「戦後に日本が築き上げてきた国際的地位や、多大な犠牲の上に成り立った"平和主義"を破壊するもの」、「戦争中、日本国民が知らされていなかった日本軍の行動や作戦の全体図を確認することができ、戦争指導者に説明責任を負わせることができた」として東京裁判を肯定（もしくは一部肯定）する意見もある。また、もし日本人自身の手で行なわれていたら、もっと多くの人間が訴追されて死刑になっただろうとする説もある（ただし、東条英機ら被告は国内法・国際法に違反したわけではない）。

同時期にドイツが舞台となったニュルンベルク裁判では同国の法曹関係者の大半が裁判に（裁く側にも）協力しているが、極東国際軍事裁判では日本の法曹関係者の裁判への協力は行われていない。なぜ協力が行われなかったかについては日本の法曹関係者の関与が広島市への原子爆弾投下と長崎市への原子爆弾投下をめぐる処理を複雑化し、連合国、特にアメリカ合衆国にとっては望ましくない影響をもたらす可能性があったからだとも考えられている。