イラク難民問題

＞君がだれかは明確ではないが、親しい相手（天皇もふくまれるかもしれない）
＞をさす、ということはほぼ認められているようですね。

そうですね。
万葉の時代など、相手がやんごとなき人でなくても「君」という言葉を使ってはいます。
でも、基本的には身分の高い人に対して使うことが主のようです。
古語辞典によると、「君・公」とは。
①国家を統治する人。天皇。
②主人として使える人。主君。
③身分の高い人をさしていう語。他諸々割愛。

とあります。
そこで私なりに「君が代」を解釈してみました。
君（天皇）の代（代々の意味）
代＝世（世とは、国家、政治、朝廷、天皇の意味にも使用される）
「君が代」とは、然るべき天皇の代の栄えを称えたもの。

ついでに、「日の丸」の由来についても一言。（私の勝手な解釈なので、軽く流して下さい）

日の丸はもともと太陽をかたどったもの。（ここまでは辞書による）
そこからイメージを脹らませたのですが、古事記に出てくる「天照らす大御神」が原典ではないかしら？
古代、天皇は現人神と呼ばれ、天と地を結ぶ者でした。
呪術や、天啓を得て政をなしていたのです。当時の人達には、それが天を照らす神そのものに思えていたのではないでしょうか。
いずれにしても、『日の丸』『君が代』は、神にも通じる「天皇」に関わる言葉であることに違いないと思います。