イラクで日本人拘束

＞また、米軍専用の飛行空域が広くて、
日本の飛行機はそこを飛行できない、
＞民間機の飛べる範囲が非常に狭く、
それでニアミスがしょっちゅうおこる

専用の飛行空域というのはありませんが、多分それは訓練空域
のことだと判断してお話しします。

アメリカ軍の訓練空域が多いのは主に沖縄方面です。
当然ながら航空自衛隊にも訓練空域を全国に持っています。
相互協定により、普通、どちらが管理しているかに係わらず
どの訓練空域も使用できます。

沖縄の嘉手納にはアジア方面では最大のアメリカ空軍基地があります。
そのため沖縄周辺空域には軍専用の訓練空域がたくさんあります。
また、日本本土にはない米軍専用の航空路(主に基地と訓練空域の往復用)
もあります。これはご存知のように沖縄は1972年3月までは米軍の施政下に
あったという特殊事情のためだと思われます。

民間機の訓練空域への進入は許可が無い限り入れません。
というか、民間機(旅客機)は航空路を飛行しますから普通に飛んでる限りは
入る必要性はありません。
例えるならば、国道を走っている観光バスが理由もなく隣接している
自衛隊の演習場を走る必要がないということと同じですね。。
日本の上空には数百の航空路が設定されていますから、狭いというのは
当てはまりません。
羽田や成田空港で旅客機の離発着が利用客に都合の良い時間帯に集中して
航空管制上の問題が起きることと軍用機の空域が多いことは無関係です。

空にも道路があり、安全運行のため民間機はその航空路を飛ぶことが
世界的に義務付けられています。
ただし軍用機は適用除外です。（国際航空法）
さらに各空港にも離発着のための進入経路、離陸経路、高度、交信周波数
など詳細に個別に定められており、また管制官の指示に従って
飛行しなければなりません。。

蛇足ですが、航空路 A-1(Amber-1)は伊豆大島から香港、そして遠くトルコの
イスタンブールまで繋がっています。
今から数十年前、イギリスのエリザベス女王が来日されたときは
この航空路A-1が使われました。

ただし、突発的な気象等の変化でコースアウトすることはありますが
それも航空路管制官の許可が必要です。

軍用機の訓練空域は広く、さらに深くなければ使いものになりません。
なぜなら空中戦或いは地上(対艦船)攻撃を想定しているので、それこそ
限界ぎりぎりの高空から海面、地上の超低空までを含む広大なエリアを
さらに民間機では絶対にしてはならない危険行為(宙返り、急降下、急上昇
急速横転、急速旋回、急激な増減速、複数の編隊飛行等)を全て行うからです。
さらにその騒音、爆音など地上への影響も無視できません。
高度１０００ｍで音速飛行をすれば、地上にある建物の窓ガラスの大半が
衝撃波で割れてしまいます。

そのような訓練空域の特性上、基地に隣接して訓練空域を確保するのは
不可能なため、どうしても離れた場所(洋上、山岳地帯、無人島等)に
設定せざるを得ません。

一番危険なのは、軍用機が遠くにある訓練空域を出入りするときに
どうしても短時間とはいえ、その航空路を横切らなければならないからです。
しかし、その危険性(過去に何度か事故があった)は認識していますので
パイロットもレーダー監視部隊も充分に注意しているので、
おっしゃるようなニアミスなどはそうそう頻繁には起きません。
ここ最近の事例では、国土交通省航空局所管の航空管制官の管制ミスに
よるもののほうが多いのではないでしょうか。
もちろん米軍機、自衛隊機が民間機とのニアミス事件を起こしたことは
過去に何度かありましたが。