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高雄から松山へは、時間帯にもよりますが、ほぼ20分に一便。
たしか、だいたい朝7:00ぐらいから夜21:30ぐらいまでが飛んでる時間。
一日に40便近く飛んでいたはずです。

確実に希望の時間帯の便に乗りたい場合は、予約した方が良いです。
トピ主様も書いておられましたが、ホテルに頼むと予約してくれます。

そう言う私は、高雄=台北間で予約した事は無いです。
それで今まで乗れなかった事は無いです。
多分よほどの事が無い限り直接行って乗れます。
台北=馬公などは、時期や時間によっては予約しないと乗れませんけど。

料金は2200元だったはずです。

一応機内持込手荷物、スプレー缶やなんや危険物の持ち込み禁止ですが、
品物出して見せれば大丈夫でした。

あとチケット買う時や乗る時にパスポートの提示求められます。国内線なのに。
だからパスポートは忘れずに。