竹島

>イラクの隣に同じく米軍統治を受けるＡ国があったとする。海岸沿いにＢ島がある。このＢ島をイラクの米軍が管理していたとする。このＢ島の管理は決して領土を確定するものではない。で、イラクが独立する。さて、ここでイラクはＢ島はイラクの領土であり、イラクの書類に行政単位としても入っていると主張して居座ったとする。

>さて、Ｂ島は、イラクの領土と確定したわけでしょうか。（まぁ、生々しい想像ができるかと「イラク」にして見ましたがたとえ話ですからどこでもかまいません）

先ず、そもそもＢ島をイラクに引き継いではいけませんね。
まして元々イラクの領土をA国が軍事占領したものとイラクが考えているならば、イラクがA国をおもんばかることは考えにくいですね。
例えば、かつてイラクが自国の領土だと主張したクウェートをアメリカがイラク政府に引き継いだとしたらどうなるでしょう。

>私は、領土の決定は、連合国の立場とその後のＡ国の領土確定に強く影響を受けるものであると思いますよ。こういう場合は普通、当事国同士が話し合い、そしてそれでだめなら国際司法裁判にゆだねればよろしいこと。

愚生も最終的には両国の合意の下で最終決着を図るのが望ましいと考えております。
しかし話し合いの際に、B国がイラクを拘束しない連合国とA国との条約を根拠にしては、国際法上も外交儀礼上もイラクは応じる義理はありませんでしょうと思います。
国際司法裁判所云々については、両国が国連に加盟した状態であるならば、国連憲章と不可分一体のものとして両国の合意の下に付託することを妨げるものはないと思います。