川が絶滅寸前です！

水が循環してる（川が流れてる）かどうかがキーですね。
流入汚水（生活排水や工業排水）はもちろん問題が大きいですが、それでも水が循環してるかしてないかも大きな一因でしょう。

手賀沼の例でも分かるように水が留まっているようなところでの富栄養化の問題はよく聞きます。
水道水から発がん性物質が検出されたというのも、元をたどるとダムや湖などの留まった水利用によるものがいくつかありました。

あるところでは富栄養化対策として、スクリューを回して流れを起こすことによって浄化させているところもあります。

やはり流れ（循環）ですね。

ほかにはホテイアオイをたくさん浮かべて富栄養化を吸収させているところもあります。

汚染物質を流さないことと、川は流れていること、そして植物の浄化作用の働きという３点セットで綺麗になっていくと思います。