川が絶滅寸前です！

やっぱり、まずいんじゃないでしょうか。
環境アセスメント→環境アワセメント等、官の体質はもうとっくに知れていますが、この場合直接的に人災に結びつきますので、その時は恐らく内輪の話など出す訳もなく、全て受託者側の責任追及になると思います。
コンサルとして、妥協しない強い姿勢が必要なのではないでしょうか。