川が絶滅寸前です！

＞例えば、ある２級河川の堤防を改修したとします。当然、河川管理者が工事を興すわけですが、工事費用を流域住民＆企業が（税金という形で）払っているのですか？
端から見ると、国の補助金に頼っているように見えますが。。。
→補助金は全国から集めた税金の再配分ですから、流域住民の負担といえなくもありませんし、補助は地元県の負担有りが前提ですから国のお金１００％で改修しているのではありません。
＞玉石混在の中から玉を取り出すのも、行政側の裁量だと思うのです。。。
→そのとおりです。時間がかかってしょうがないですが、当然の負担（行政としては残業代が増える）と思います。