さあ！諸君！捕鯨問題だ！

完全に適用されますね。

その前に、ゴムボートがどの位置から接近したか、追い越しの位置に居たのか等もあります。

又、外洋でゴムボートを操縦する場合、日本では１級小型船舶操縦士免許が必要ですし。「動力船」と言う定義に関して、大きさは関係有りません。

>それにしては日本側は
>海上衝突予防法違反という点で
>そのゴムボートに対しての抗議がないのは

海上衝突予防法ではないですが、「海賊行為」として抗議しておりますが・・・
http://icrwhale.org/pdf/JARPAII-GP.pdf
そもそも、抗議しないから、適用される・されない等の判断は何？
事故が起こってないから、訴えていないだけであり。
一度事故が発生すると「海上衝突予防法」を主張するでしょう。