さあ！諸君！捕鯨問題だ！

私は、実際に小規模ながらスポンサー側の経験がありますので。

国家や民間産業のニーズに全く反するような研究に、自社の基礎研究に役立たないものに・・・一体誰が進んで投資しますか？。

主体性・・・研究者側にもスポンサーを選ぶ権利がありますので、これで十分に主体性は維持できていると思いますね。嫌なら資金を受領しなければ良い。
共同研究・共同開発・機密保持の契約書にサインしなければ良い。

それだけの話です。

もし、自身の研究が、産業トレンドと完全なミスマッチを来たしていると認識できないほど、社会性に乏しいのであれば、それは研究者自身の不徳を嘆くべきものであり、スポンサーサイドを責めるのは筋違いでしょう。