さあ！諸君！捕鯨問題だ！

理論的な可能性としてだけなら、そりゃr氏の言う事もあり得ますよ。
例えば種Aは小さい魚だが、種Bの稚魚を食べる、というような場合。
あるいは種Aと種Bが餌を巡って競争関係にある場合、種Aが減れば種Bは増える。
可能性としてだけなら、なんだってありえます。種Aが減ることで共生関係にある種Bも減る、とかね。
ただ、r氏の持論である「その時多い魚を食べる」からすると、種Aが減って来た場合、クジラは種Bを主に食べるようになり、結果として均衡してしまいそうですがね。