さあ！諸君！捕鯨問題だ！

衛星からの追跡なら、アルゴスか何かでしょう。
渡り鳥やウミガメの追跡例もあります。研究者が衛星追跡センターに位置情報を問い合わせてダウンロードするという方法です。
（もちろん有料・結構高い）

>１：タグから微弱電波を発信し続けることによって、サメや特に学習能力の高 　　 いシャチなどの外敵から狙われる危険性が増す

サメは電磁気感覚がありますけど、クジラの大きさなら大丈夫じゃないですかね？シャチは電波を感知できなさそうに思いますが。

>２：タグを打ち込むことで、件のブルセラ菌に対しての抵抗力が失われ
　　 感染リスクが高まる

一般に外傷や大きさ・重さによる負荷は考慮はされます。無傷というわけにはいきませんが、一応大丈夫だと踏んだんでしょう（カメなら甲羅に取り付けるからより簡単なのですが）。

>３：野生動物の観光資源化による生態系の破壊

やたらに公開するとこれが問題になるかもしれませんね。

>４：捕鯨船団にとって、標的を捉えやすくなる

うーん・・・
追跡調査中のクジラを捕っちまうと自分の首を絞めるようなものなので、それはやらないと思いますが・・ 　 むしろ知らせない方が、気付かずに撃ってしまいそうです。
いずれにせよ衛星向けの電波を傍受して・・というのではなく、ダウンロードされた位置情報を研究者がどこまでオープンに配信するか、という問題だと思いますが。