さあ！諸君！捕鯨問題だ！

この文章を持って、彼がJARPAを理解していない事は明白ですね。
2001年のIWC/SCのレポートには何と書いてあるか見てみましょう。

10.2.3.2 TRENDS IN ABUNDANCE
SC/53/IA12 presented estimates of the abundance of Antarctic minke whales in Areas IV and V from 1989/90 to 2000/01 using sighting data obtained from JARPA surveys. The standard methods were used (for comparability with analyses of IDCR/SOWER data) and trends in abundance estimates were examined.

もう一目瞭然ですね。SOWERと比較するため、”標準的な方法”(=当然

ライントランセクト法です！）が用いられた事が明記されています。

なんですかね！？この「日本の場合は」って文章？？？

反捕鯨真理教用語は難しいですね．．．。どなたか翻訳をお願いでき
ませんでしょうか？
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＞SOWERにも「調査しない区域」はあるだろうね。

「ある決められた線上」をライントランセクト法で目視調査するという意味ではそれはないだろ？

SOWERの場合はその線上を
[実際に調査]＋[実際に調査]＋・・・
って具合に調査するけど

日本の場合は
[実際に調査]＋[推定値をあてはめる]＋・・・
という具合につぎはぎだらけだけってこと。