南京大虐殺・従軍慰安婦強制連行は事実

＞南京大虐殺の被害者が日本で個人賠償の訴訟を起こし、日本は戦争犯罪に対する個人賠償を認めていないから敗訴はしたが、判示としてその事実認定では、それがあったと認めてるよ。

具体的にどの裁判のことを言っていますか？
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『刑事訴訟法』には事実の誤認を理由としての控訴の申立ての条文（第382条）がありますが、『民事訴訟法』にはありません。
何故なら、民事訴訟は事実を争う訴訟ではないからです。
判決の「既判力」は主文の範囲内において有効であり、「事実認定」には、判決の効力は及びません。（第114条）
もちろん「事実認定」の誤りに対しても何の責任もありません。
例えば、誰の目にも嘘八百に思える証言であっても、それが宣誓のもと行われた証言であれば「証拠能力」を認められます。（証拠として採用されます。）
何故なら、「証拠能力」と「証明力」は違うからです。
民事訴訟においては、仮に、被告側が法廷戦術として敢えてこの証言（事実）に反論しなければ、裁判所はその証言（事実）を「事実認定」します。
原告側には色んな目的の方がおられましょうが、被告側の目的は唯一つ、勝訴することです。
事実あなたが提示した通り、原告側は「事実認定」のみに自己満足し、被告側は「事実認定」に関係なく勝訴という結果です。