日本と韓国の議論の広場

２・ただし、2000名前後のかたがたは虐殺されており、その多くは自警団ではなく警察・軍隊だった、という目撃証言もある。

この文章はこのように読むべきです。

「ただし、2000名前後のかたがたは虐殺されており、」 　 「その多くは自警団ではなく警察・軍隊だった、という目撃証言もある。」

何故なら、３の欄にもう一度このように書かれているからです。
「警察・軍隊などによりその数倍にも及ぶ犠牲者が出たという目撃者の証言などもある」

３・教科書などの教育目的の記述としては、「関東大震災では朝鮮人が、日本人の自警団により300名以上虐殺された。また警察・軍隊などによりその数倍にも及ぶ犠牲者が出たという目撃者の証言などもある」とするのが正しいように思われる。

目撃証言は軍・警察による虐殺現場の目撃者であり、２０００人の虐殺の目撃証言ではない。
そして、自警団による虐殺は３００名以上であり、軍・警察はその数倍を虐殺したとしている。