イラク難民問題

また、ジャムパンですか・・・(^^；)
私は法律の専門家じゃありませんので、あくまでも私流に『内心の自由』を解釈してみます。
違っていたら、専門家の方ホローをお願いします。

＞「」の中は、何を考えても自由って事でよろしいのですよね？
＞『立ち去る』のは行動だから、"内心の自由"ではないですよね？

この例は、憲法19条と合致しているようで、微妙に違う気がします。
宗教では内面的な罪をも神の名において罰します。（自己処罰等）
基本的に法律では、内面的な心の動きまでは感知しないですよね。あくまでも、為した行為において規定されています。
ex. 　 sinとcrimeの相違。
ただし、その行為において故意の是非、殺意の是非、悪意の是非は問題になります。つまり動機ですね。動機は、心の部分に属します。
その動機によっては、情状酌量のもと罪が軽減されたり、あるいは逆に重くなったりします。
憲法19条で扱っている「思想と良心の自由」というのは、ウニゾウさんの例のように、「心の中では何を考えてもいい」という意味合いよりは、イデオロギーの自由、どちらかと言えば宗教的背景での『良心』の自由を意味しているのではないでしょうか？
明治憲法下では、特定の思想をもつことを許されていませんでしたし、それに対する不当な弾圧がありました。
「良心」に関しては、分かりやすい例として、『良心的兵役拒否』というのがあります。
自分の宗教上の信仰・良心に基づいて兵役義務を拒否することができるということです。アメリカが最も早くこれを容認したそうです。
日本では、あるキリスト教系新興宗教の信者である学生が、体育実技で必修とされていた剣道の授業を、自己の信仰上の理由（「戦ってはならない」という聖書の教義）から参加を拒否しました。
その為に、体育での単位を修得できずに退学処分になりましたが、これは違憲であるという判決がでました。
「思想・良心の自由」という憲法が、功を奏した判決結果だと思います。