イラクで日本人拘束

＞どうしてあの３人は無事開放されたのか

多分、基本的に日本政府のイラクへの自衛隊派遣に反対立場の人達だからだと思います。
そして開放することによって日本人によるイラクへの悪感情を減らしたかったのかも。
あと、残りの二人の日本人を、これは推測ですが、拉致しているからだと思います。

＞あの３人は今のイラク人にとってどう思われたのか

３人の詳しい背景を知ることによって、イラクの敵ではないと感じたんじゃないでしょうか？

＞イラク人は、あの３人と自衛隊と、本音ではどちらを望んでいるか、

自衛隊だと思います。多分。でも、武器を持っているので、容易に近づけない。

＞あの３人はイラク人へのボランティアと取材ぐらいしかしないが、自衛隊はイラク人への支援以外の別の何かを支援していないか

多分アメリカ軍の支援をしていると思います。

これらは私個人の推測です。