イラクで日本人拘束

日章旗は、現在は国旗として法で決まっていますが、それ以前は、国旗として確定していませんよ。
戦前は、性格的には軍のマークとしての意味合いが強いという面が、確かにあります。
太政官布告においても、国旗としての扱いではありませんでした。
陸軍の日章旗、海軍の旭日旗。(航空隊は日章旗)
途中から国旗的扱いになってはいますが、日章旗に軍旗的性格があったことは、否定できないでしょう。
畏れ多いので、錦の御旗を軍旗にはできない。その代用としての日の丸。
これは、少なくとも説として存在します。

なお、連隊旗のみが軍旗ではないことを、付け加えておきます。