イラクで日本人拘束

＞根来衆は、戦国時代最強の鉄砲集団で、根来の雑賀党は、鉄砲傭兵集団として

いや、雑賀党は根来衆とは全く別物です
雑賀は僧兵集団ではありません
地侍の集団です

＞そもそも、殺生を禁じている仏教を説く寺に、何故、人を殺す武器がありその訓練をしている連中が、いるのでしょう？

乱世で、仏教というまとまった教えが、崩壊していたとは考えられませんか

つまり、偽坊主がはびこっていたと

＞何故、本来、妻帯を許されないはずなのに、妻と子が居るのでしょう？

仏教では、出家と在家とありますから
鎌倉時代以降は、日本仏教はほとんど在家仏教になったのでは

出家は妻帯しないが、在家は妻帯する

妻帯しても、人間が本来持っている可能性は損なわれない、という、考えかたでしょう
つまり、在家で間に合うのでは