イラクで日本人拘束

＞誰に対してですか？

誰に対してでもです。

＞これはYahoo！JAPANに対しては行使できないという意味ではないのですか。第三者の無断転載に抗議する権利はあるでしょう。
＞私はそのように理解してきましたが。

誰にと書かれていない以上、『著作者人格権を行使しないものとします』と書かれていたらYahoo！JAPANに対してのみではないと読むのが一般的です。
抗議自体は道義的側面からは可能です。
ただ、転載した行為を取り消せと命令したところで、何の効果も上げ得ないでしょうね。
相手の感情に訴えるか、論理性において納得させるか。

著作者人格権についてググルと、ジャスラック等の見解が出てきます。お読みください。

＞また、ユーザーは著作者人格権を行使しないものとします。（規約７）

この文章、普通にお読みください。

※転載そのものの是非については私は見解を述べていませんでした。
それに対しては、イカンやろってのが私の考えです。
ただし、偉そうに著作権がどうこうと書くのは違うかなと。それだけです。