イラクで日本人拘束

＞相手が、spyかどうか尋ねる場合
＞複数形を使うかな？

彼らは３人で行動していたんでしょ？
複数人で行動しているときに「Are you ...(e)s?」と尋ねられるのは、珍しくもなんともないことです。

＞大体、
＞spyの可能性のある相手に
＞そんなこと聞く馬鹿いないよ。

確かに（苦笑）
ただ、「おまえたちは何をしに来たのだ？」という英語を知らないヤツだったら、そういう言い方しか出来ませんよね。
まさかイラクで「Are you tourists?」とは訊かないでしょう（笑）
私自身、たとえばスペイン語やポルトガル語だったら、同じような言い方しかできないと思います。

こういう話題に参加するなら、もうちょっと英語を勉強したほうがいいですよ。ＴＯＥＩＣ４００点くらいを目標にすると良い。