イラクで日本人拘束

＞イラク復興支援を本気で考えるなら、支援活動に慣れてるNPOを保護する活動に切り替えるべきだ。

一応、国としての立場もあるので今の状態では難しいでしょうね。
でも、イラクが落ち着いてくれば、gotoさんの仰るように段階的ではあるでしょうが、切り替えて行くのではないでしょうか？
（ＮＰＯを保護する活動に切り替えるかどうかは疑問ですが）

＞素人の自衛隊が今更練習する時間があるなら、プロが活動するのを保護した方が的確に早い。
税金の使い道を間違ってないかね。

正論ですね。
しかし、上記でも述べたように日本国としての立場もあります。
政府が立場を考える事は至極当然ですからね。
国が一番重要視するのは国益ですから、その観点から見てもです。
そもそもこの国益を無視すれば、自衛隊派遣も必要なかったかもしれません。
しかし、今回の派遣がなかったら今後の日本の国防にも大きな影を落とす事になっていたでしょう。