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破裂音なら息と唇の緊張の強弱で決まりますが、濁音の場合は、発話者の骨を通って聞こえる音と、実際に発生された音とのズレが大きいのではないかと思います。

また、発声時にどの程度の緊張を口腔や舌、唇などに強いたかで音がかなり変わるのが濁音です。
（破裂音や濁音の場合、歯並びまで関係してきますし。。。）


中国系の言語をかなで表記する場合、例えばJ音なんか、JI「ちぃー」（強い音）ですが、うまく表せない（こんな時、私は「チぃー」と書いて、かたかなで強い音を表します）。

「じ」と「ぢ」なんかだと、これは実際に教会ローマ字を知らないと書き表せないでしょ。（安易にJIなんて書くと、前の例とぶつかり、混乱する場合もありますし）