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日本は二重国籍を認めていましたが、戦後廃止しました。戦後いわゆる三国人たちが暴れたことにあると思います。二重国籍を認めないのは「外国人は所詮外国人であり、いつ日本の敵になるかわからない。蝙蝠みたいな真似をされてはかなわない」という考えが根底にあるのかもしれません。
指紋押捺にしても、公安が北朝鮮の工作員を取り締まる為だったのが非公式な理由ですし、現実に周囲に日本に敵意を持つ国家が存在する以上当分二重国籍を日本政府は容認しないと思います。