さあ！諸君！捕鯨問題だ！

いや、多分協力して行うのは仕分けで指摘されたとおり、二重行政でアウトでしょう。
事業仕分け第2弾では国交省所管の水辺国調が環境省に移管されたのを皮切りに、
今後環境/資源とも調査は二重行政を防ぐために
全て環境省に1本化される事になっていたと思いますので。

で、これは恐らくそのための布石というか楔なじゃないかと思います。
いきなり単独でやると言ったら反発を食うでしょうし、
現状では多分環境省にはノウハウがない。
ですから暫くは一緒にやって、ノウハウが蓄積されたところで
独立してやるようになるんじゃないでしょうか。

そういえば環境省って自然保護団体との付き合いが深いんですよね。
将来的には調査捕鯨も目視調査のみに切り替わるかも知れませんよ。