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＞5000万件というのは現時点での不明履歴の数だったはず、実数はその数倍

「５０００万件」というのは、統合（移行）作業時とそれ以降現在までとの、両方のミスが合わさっている数で、現状では、その実情（実数）すら分かってはいないのではないですか？
　 国民年金と厚生年金との「統合」と、その後１０年間のその「運用」、そこにおけるミスは、明らかに「公務員の仕事上のミス」でしょう。「公務員の仕事上のミス」の問題は、一人一人の公務員の資質の問題と、現状の公務員制度・行政組織の問題から来るものと、両方あると思います。
「ワールド・ビジネス・サテライト」という日経系列の「東京テレビ」のニュースで報道していましたが、「ハローワークの市場化テスト」の推進担当者が「公務員は自分の仕事に誇りを持って取り組んでいるので、差し出がましいことは、口を挟めない」と話していました。「自分の仕事に誇りを持って取り組んでいる」というのは、言いかえれば、「縦割り行政」を、頑なに守ろうとしているということでしょうね。それは、上司・部下（各省庁首脳と一般職員と）ともに共通の意識なのではないでしょうか？ 　 そこは自民党系も旧社会党系も同類です。
　 一企業が台帳方式からコンピュータ化するシステム化や、複数の銀行が合併するときですら、膨大な作業がかかり、作業ミスをつぶしながら進めているはずです。それが、「国民年金」という制度と「厚生年金」という制度という同じ社会保険庁内のシステム統合ですら、統合作業自体とその後の運用で「５０００万件」と言われているミスが出ているのです。優遇されていると言われている「共済年金」、「議員年金」は手付かずのままで、現在の混乱ですす。
　 今明らかになっている現状に照らせば、 　 「とうの昔から」「背番号制」を導入していれば、とおっしゃいますが、全省庁を対象とした、全システムの統合を基盤とする「国民総背番号制」を導入するとすれば、「とうの昔から」続いてきている現状の（旧来の）「縦割り行政」「公務員の意識」のままでは、「５０００万件のミス」以上の混乱が待っているでしょう。