日本と韓国の議論の広場

国名をアルファベット3文字で表記するルールにつきましては、国際標準化機構（ISO）のISO 3166という規格の中で定められています。

JPNという表記に違和感があり抗議したいというのであれば、
この規格策定のメンバーとなり、その中で意見すればいいのではないでしょうか。
やり方は自分で調べてください。
http://www.iso.org/iso/en/prods-services/iso3166ma/04background-on-iso-3166/you-and-iso3166.html