対米全面テロ

＞これだけ大胆な計画をしていたのであれば、
＞レンタカーに証拠を残すような真似はしないでしょう

別にレンタカーに証拠が残ったところで、困らないでしょう。
犯人が「マニュアルさえ見つからなければ犯人は特定できないだろう」と考えていたのなら話は別ですが。空港の監視カメラにでも写ったり、ボイスレコーダーの声を分析されたりされるだろう事はテロリストにだってわかります。
もっともそれも犯人が「我々の犯行だとばれたら困る」と考えていた場合の話ですが、あの種のテロでそう考えているのは少ないんではないだろうか。
いままでにイスラム原理主義者の起こした犯行は、テロリスト側がすべて否定しているというのであれば話は別だが。

それにマニュアルを機内に持ちこもうとしても、搭乗手続きの際に見つかるかもしれない可能性を考えれば、そちらの方がやばいでしょう。