対米全面テロ

まず、墜落現場がきれいなわけですが、目撃者の話によると上空で火を吹きながら落ちていったとの事です。
多分上空で爆発したものと思われます。
現にかなりの広範囲に破片他が散らばっていたようです。
この事から判断してマスコミの一部では撃墜されたと判断しているようです。
多分事実と思われます。その方が納得できそう・・・
また、一説によると乗客がハイジャック犯を捉えようとした、という話も出ています。
それによって墜落もしくは爆発してしまったということですね。

＞アメリカ側はなぜこの民間機を「撃墜すべき機」と確信を持てたのか、

どこかの機がコクピットのスピーカーをＯＮにしてハイジャック犯とパイロットの会話を管制塔に流していた、そうです。
ピッツバーグに墜落した機でしたっけ？
とりあえず、その可能性と。
もう一つはコクピットにはハイジャックを知らせるボタンがあります。押したからといって何が起こるわけではありません。
「ハイジャックされました」連絡用です。
これにより同一グループと推測して落とした？でもそんな不確かな事はしないだろうと思いますので、前者だと思いますが・・・

＞例え民間人が乗っていても。

墜落によっての被害と数十名の命。映画とは違いドライに数十名の命を捨てたということですね。しかしそれが正しいと思いますが。

撃墜したかどうかはあくまでも推測の域を出ていない事は事実です。例え撃墜が事実であったとしても公表はされないでしょうし、認めないでしょう。
発見されたブラックボックスにキーになる会話が入っていたとしても、それも公表されず闇の中に・・・
あくまでも推測です。